Las características excepcionales del PCCC y su condición como sitio Patrimonio Mundial,  implican el diseño y aplicación de un instrumento de protección, planeación y gestión que recibe el nombre de Plan de Manejo, a través del desarrollo, políticas y acciones que mantengan y mejoren las condiciones de conservación y desarrollo actuales y futuras del Paisaje. El Plan de Manejo del PCC busca, la apropiación y conservación del Paisaje por parte de la población, de manera sostenible y en armonía con las actividades económicas que se desarrollan en la zona. En este contexto, se establecen como principios para el manejo del Paisaje el bienestar económico y social de todos sus habitantes, la apropiación del patrimonio cultural y la sostenibilidad ambiental.

Para alcanzar este objetivo se han unido entidades del orden nacional y regional que hacen parte de la Comisión Técnica Intersectorial del PCCC, incluyendo al Ministerio de las Culturas, las Artes y los Saberes y la Federación Nacional de Cafeteros de Colombia, y del orden territorial como las Gobernaciones, las Corporaciones Autónomas Regionales y un grupo de universidades de los cuatro departamentos.

Informe Resultados de Indicadores Plan de Manejo PCC 2012 – 2015 y Documento de recolección desde la Universidad Nacional de Colombia.